הפקולטה לחינוך מוזיקלי חותרת להעצים את לימודי המוזיקה במערכת החינוך ולהנחיל את אהבת המוזיקה לכל שכבות האוכלוסייה. חברי הסגל המלמדים בפקולטה הם טובי המוזיקאים, המורים והחוקרים בתחום החינוך המוזיקלי בארץ. מסלול ההכשרה האקדמי ייחודי – התוכנית היחידה בארץ המעניקה הכשרה רב־גילית, שבסופה מוענקת תעודת הוראה לכל קבוצות הגיל.
מטרתם של לימודי החינוך המוזיקלי היא לטפח מוזיקאיות ומוזיקאים ברמה אקדמית גבוהה שיהיו גם נשות ואנשי חינוך מן המעלה הראשונה. התואר הראשון בחינוך מוזיקלי (.B.Ed) ותעודת ההוראה הנלווית לו, כמו גם התואר השני בחינוך מוזיקלי (.M.Ed), המוענק אף הוא במסגרת הפקולטה, מאפשרים מצד אחד, קבלת בסיס איתן של הכשרה בתחום החינוך, ומצד שני, טיפוח מיומנויות בתחום הביצוע והיצירה.
כמו כן, הפקולטה היא היחידה בארץ המאפשרת לימודי המשך לתואר שני בחינוך מוזיקלי. (.M.Ed) לימודים אלו מתקיימים בשני מסלולים: עם תזה ובלי תזה, וכוללים מסלול חדש מסוגו בארץ לניצוח מקהלות בבית הספר ובקהילה.
הפקולטה מציעה גם תוכנית לתואר שני .M.A.A.T בטיפול באמצעות אומנויות בהתמחות בטיפול במוזיקה, וכן תוכנית מואצת ללימודי תואר ראשון ותואר שני לבחירה בארבע שנים או בחמש שנים.