חינוך גופני במערכת החינוך בישראל נלמד כמקצוע חובה במשך שתים עשרה שנות לימוד. במערכת הוא משובץ החל מכיתה א' עד כיתה יב' במשך שעתיים שבועיות במערכת. בכיתה יב' נערכת בחינת בגרות והציון נכלל בתעודת הבגרות הפנימית. נכון להיום, מבחן הבגרות כולל את אות הכושר הגופני שהינו מבחן הבודר את מרכיבי הכושר הגופני: סיבולת, כוח, זריזות, מהירות,קאורדינציה.
ישנה אפשרות להרחיב את מקצוע חינוך גופני כאחד מהמקצועות 5 יחידות לימוד לבגרות. אפשרות זאת לא ניתנת בכל בתי הספר, ישנם בתי ספר שישנה מגמת חינוך גופני, מגמת כדורעף, מגמת כדורגל. ואף לעיתים ישנם בתי ספר שישנה כיתת ספורט כבר מכיתה י'. במגמות אלה התלמידים לומדים חומר עיוני וכן מעשי בתחומים שונים בהתאם להחלטת בית הספר ועליו הם נבחנים בבחינה עיונית ומעשית בבגרות של 5 יחידות.
החינוך הגופני בישראל מאוד מובנה ככל תחומי הלימוד. משרד החינוך מכתיב תכנים מסויימים שעל ההמורים ללמד בכל שנתון, את השיעורים מעבירים מורים אשר הוכשרו על ידי מוסדות לחינוך גופני כדוגמת קמפוס וינגייט. במרכז האקדמי לוינסקי־וינגייט, ההכשרה להוראה, אורכת ארבע שנים. במהלכם, הסטודנטים מתנסים בהוראת חינוך גופני בכיתות היסודי, וחטיבה-תיכון. במהלך ההכשרה התלמידים רוכשים הן ידע עיוני בתחומי המתודיקה והן ידע פרקטי בתכני החינוך הגופני. בסופם של השנתיים, אלה מביניהם שירצו לקבל תעודת מורה מורשה מטעם משרד החינוך יצטרכו למלא משרה של מורה בסטאז', כלומר מספר מסוים של שעות מורה מתחיל.
אוכלוסיית התלמידים הלומדים במערכת החינוך היא מאוד הטרוגנית, כך, שלמורה לחינוך גופני ישנה משימה די מסובכת להתאים את רמת ותכני השיעורים ליכולות של כלל התלמידים. ישנם שונויות רבות בין תלמידים בכל כיתה ובכיתה הן ביכולות הפיזיות שלהם, הרמה הריגשית והיכולת השכלית והקוגנטיבית. ישנן כיתות רבות בהם משולבים ילדים שהינם בעלי מוגבלויות ספציפיות כמו נכויות פיזיות כמו שיתוק מוחין או נכויות תקשורתיות כמו אספרגר אשר משולבים בכיתה רגילה ועל כן, למורה חינוך גופני להיות מודע ליכולתם להתאים את עצמו ואת השיעור אליהם.
ישנם בתי ספר אשר בהם יש כיתות מיוחדות לתלמידים משתלבים כאשר מרבים או כל התלמידים הם בעלי לקות מסוימת ועל כל שיעורי חינוך גופני הם בקבוצות קטנות ומעבירים אותם מורים לחינוך גופני עם הכשרה בחינוך מיוחד. עוד מסגרת בה מועבר החינוך הגופני כשיעור כחלק ממערכת בית ספרית הוא בתי ספר לחינוך מיוחד.
החינוך הגופני בישראל מאוד מובנה ככל תחומי הלימוד. משרד החינוך מכתיב תכנים מסויימים שעל ההמורים ללמד בכל שנתון, את השיעורים מעבירים מורים אשר הוכשרו על ידי מוסדות לחינוך גופני כדוגמת קמפוס וינגייט. במרכז האקדמי לוינסקי־וינגייט, ההכשרה להוראה, אורכת ארבע שנים. במהלכם, הסטודנטים מתנסים בהוראת חינוך גופני בכיתות היסודי, וחטיבה-תיכון. במהלך ההכשרה התלמידים רוכשים הן ידע עיוני בתחומי המתודיקה והן ידע פרקטי בתכני החינוך הגופני. בסופם של השנתיים, אלה מביניהם שירצו לקבל תעודת מורה מורשה מטעם משרד החינוך יצטרכו למלא משרה של מורה בסטאז', כלומר מספר מסוים של שעות מורה מתחיל.
אוכלוסיית התלמידים הלומדים במערכת החינוך היא מאוד הטרוגנית, כך, שלמורה לחינוך גופני ישנה משימה די מסובכת להתאים את רמת ותכני השיעורים ליכולות של כלל התלמידים. ישנם שונויות רבות בין תלמידים בכל כיתה ובכיתה הן ביכולות הפיזיות שלהם, הרמה הריגשית והיכולת השכלית והקוגנטיבית. ישנן כיתות רבות בהם משולבים ילדים שהינם בעלי מוגבלויות ספציפיות כמו נכויות פיזיות כמו שיתוק מוחין או נכויות תקשורתיות כמו אספרגר אשר משולבים בכיתה רגילה ועל כן, למורה חינוך גופני להיות מודע ליכולתם להתאים את עצמו ואת השיעור אליהם.
ישנם בתי ספר אשר בהם יש כיתות מיוחדות לתלמידים משתלבים כאשר מרבים או כל התלמידים הם בעלי לקות מסוימת ועל כל שיעורי חינוך גופני הם בקבוצות קטנות ומעבירים אותם מורים לחינוך גופני עם הכשרה בחינוך מיוחד. עוד מסגרת בה מועבר החינוך הגופני כשיעור כחלק ממערכת בית ספרית הוא בתי ספר לחינוך מיוחד.
